Laktoosi-intoleranssin oireet johtuvat laktaasientsyymin vähyydestä tai puuttumisesta. Laktaasi hajottaa laktoosin ohutsuolessa glukoosiksi ja galaktoosiksi, jolloin elimistö voi käsitellä niiden sisältämät ravinteet. Ellei näin tapahdu, laktoosi siirtyy sulamatta paksusuoleen, missä sen hajottavat bakteerit. Kaasut ja muut vaivoja aiheuttavat aineet muodostuvat tässä prosessissa.

Bakteerien aikaansaama laktoosin hajoaminen tuottaa ruoansulatuskanavassa hiilidioksidin ja metaanin tapaisia kaasuja. Nämä kaasut kerääntyvät suolistoon ja aiheuttavat voimakkaita ja toisinaan kivuliaitakin ilmavaivoja.

Hiilidioksidin ja metaanin aiheuttamien ilmavaivojen pidättely usein vain pahentaa ongelmaa. Jos kaasut eivät pääse poistumaan, suolisto laajenee aiheuttaen vatsan turvotusta sekä vatsakipuja. 

Kaasujen lisäksi laktoosin hajoaminen suolistossa synnyttää maitohappoa ja erilaisia rasvahappoja. Näiden aineiden vaikutuksesta suolistoon kertyy enemmän vettä osmoosin kautta. Suolistoon kerääntyvä vesi nesteyttää ulosteen, mikä johtaa toisinaan pahaankin ripuliin.

Jos laktaasia ei ole tarpeeksi tai ollenkaan, laktoosi ei hajoa eikä se imeydy ohutsuolessa. Ruoansulatuskanavassa syntyy ongelmia.

Laktaasi hajottaa laktoosin glukoosiksi ja galaktoosiksi, jotka imeytyvät ohutsuolessa.

Jos laktaasia ei ole tarpeeksi tai ollenkaan, laktoosi ei hajoa eikä se imeydy ohutsuolessa. Ruoansulatuskanavassa syntyy ongelmia.